“法界缘起”侧重宇宙的真实存在相状问题，那“性起”呢？

法藏如上之义与智俨所谓的“本有”“本有修生”的说明是一致的，都是指清净之“性”先天发用，即清净之觉性的显现及其所生起的出世间法。法藏在《华严经探玄记》中曾表示，他对智俨所认为的“本有”“本有修生”符合“性起”之义表示认同。

这也就是说，法藏在第五门中提到“性起”亦是局限于净法的范围气但是，法藏在第六门“染净门”中，在重申“染属无明，净归性起”之后，又作出了进一步的申论：染法缘起亦被“性起”所摄。之所以说“众生及烦恼皆是性起”，是因为染法缘起也有“净”用：染法为凡夫成佛所须认知、断除的对象，只有凭借妄染之法的断除才能成就佛果。

由此可见，法藏的“性起”确实已经通于染净之法，法藏甚至还云：“一切无非性起”。此或许是对天台宗“性具善恶”之说的理论回应。但学界一般认为法藏的“性起”仅局限于净法，甚至认为“性起”通于染净是澄观才提出的，实为失察。、剩余四门中，第七门“因果门”与第八门“通局门”的主旨在阐明：一切众生皆可有“性起”之事。’此亦是承自智俨而来。除此外，法藏甚至认为，一切有情、非情皆具“性起”之事。在此，法藏提出了“性起”亦通“有情非情”，与天台宗湛然的“无情有性”说有相同之义（湛然的“无情有性”说晚于法藏之说）。但是天台宗的“无情有性”说后来却遭到了澄观的批评，澄观强调：“法性”通于“有情非情”；若约有情则称‘弗性”，若约“非情”则曰“法性”。

第十门“建立门”则是根据如来出现的十种德相对《宝王如来性起品》经文所作出的随文解说，且从略。值得关注的则是第九门“分齐门”。在第九门“分齐门”中，法藏认为，“性起”即称体显用，指由真性（如来性、真如等）显现宇宙一切万有，宇宙万有又与真性为不二之一体，换言之，真性即为宇宙，宇宙即为真性；“无尽法界”以“真性”为本原，此“真性”即是“无尽法界”的本性，“无尽法界”被圆满自在的“性起”所摄。由此，“法界缘起”亦被“性起”所摄，“法界缘起”即是“真性”所现起的理想境界；因此，“真性”即是“无尽法界”的本性，故“性起”与“法界缘起”皆未超出“法界”的范围。

《修华严奥旨妄尽还源观》也认为，“自性清净”为体，“海印三昧”“华严三昧”为用，由体发用，可现起宇宙一切万有，但此境界并未超出法界的范围。法藏还指出：“‘性起’繁兴法尔止，谓依体起用，名为‘性起’。”也就是说，“自性清净圆明体”发“海印三昧”“华严三昧”之“用”而“万有齐现”“普周法界”，正是“性起”之义。

前文己明，“法界缘起”是由“海印三昧”“华严三昧”呈现出的理想境界。因此，“法界缘起”也就成为由性”所现起的“万有齐现”“普周法界”的理想境界。其实，这一思想在“唯心回转善成门”中也有明确的阐述。可见，“法界”自体的缘起之“相”正是由“性”所现起的理想境界，“性起”可解决“法界缘起”的理想世界（即佛果境界）的生成问题。

综上所述，“法界缘起”侧重宇宙的真实存在相状问题，“性起”则强调宇宙的本原或生成问题；若从“体”上说“法界”，是为“性起”’从“相”上说“法界”，是为“法界缘起”。“性起”与“法界缘起”构成“法界”的一体二面。对此，法藏也曾明确指出，性起与缘起“虽无二体，二义不相是也”。此外，在法藏的言论中值得关注的还有“性起”与染、净二法的问题：（“真性”可包摄一切、周遍一切，似乎并不排除污染之法。

“尘”是一切法的代称。世间、出世间一切法从终极意义上说皆以“空”为本性、为“真性”；污染之法亦以“空”为“真性”而别无自体。法藏在前文所明的“三性同一”说中早就指出：“真该妄末，妄彻真源”，即真与妄并非别有二体，而是有着共同的“体”。“自性清净圆明体”的属性是“处染不垢，修治不净”。也就是说，清净之“性”是从取消善、恶分判的立场上立言的，不是伦理概念，而是指宇宙的终极存在。

由此可见，法藏所言的“性起”之“性”包涵“法性”“空性”之义，虽然法藏把它规定为“真”、“净”，但这并非是从伦理的善、恶分判立言，此与智俨从般若学立场上所言之“性”相同，皆是指宇宙的终极存在。在此意义上，“性”也包涵了污染之法，污染之法亦以“真性”“清净性”为体而别无自体。因此，法藏所言的“性起”通于染净二法有两种情况：一是从污染之法有“净”用而言，污染之法可通于“性起”；二是，从取消善、恶分判的立场上立言，污染之法亦以“真性”“清净性”为体，“性起”通于染、净二法，这一思想意蕴在智俨那里已经具有。由此，“性起”确实可以包摄世间、出世间的一切万法。