百字明咒的主要功德济世能够净除业障，我们在念诵百字明咒的时候就像是去洗澡一样，帮助我们来净除我们的业障。所以说我们应该多多的读诵百字明咒，若是有时间可以练习一些快诵。

此百字明咒包含了新旧密宗一切如海寂静、愤怒本尊心咒之精华，所以强力猛烈地祈祷金刚萨垛，念诵百字明咒，等于祈祷一切本尊，念诵一切本尊心咒。而金刚萨垛心咒是百字明咒之精华，因此，无论念百字明还是念心咒，只要修法相应，具足无伪的信心，毫无疑问可以净除一切破密乘戒、菩萨戒、别解脱戒所犯根本罪及支分罪，更何况其他一般罪障。忏除罪障的关键是行者一定要生起信心来认真修持。

其实百字明究竟忏悔了什么，从解释出来的意思看不是特别明显，但实际上它是一种很甚深的忏悔方法，是以诸佛菩萨身语意的金刚三昧耶，与自己的身口意完全不超离、融入一体的方式来忏悔的。

我们若是主修百字明咒的话，我们每次连续念诵108遍百字明咒，这样我们在念诵的时候就可以得到很多的功德，然后在按照仪轨进行统一的回向。